Per Ordre ECO/119/2013 de la Generalitat de Catalunya, de 7 de juny del 2013 (DOGC 6401, de 20 de juny del 2013), es va crear l'Escola de Doctorat de la UPF. Culmina així un procés que es va endegar fa dos anys amb l'aprovació, pel Consell de Govern de 13 de juliol del 2011, de la norma per la qual es regula l'Escola de Doctorat de la Universitat Pompeu Fabra.

Així mateix, durant el curs acadèmic 2012-2013 i per resolucions del rector, s'ha procedit al nomenament dels coordinadors acadèmics i de les comissions acadèmiques de cadascun dels programes de doctorat de la UPF. Les comissions acadèmiques són els òrgans responsables de la definició, actualització, qualitat i coordinació dels diversos programes de doctorat i del progrés de la recerca i de la formació de cada doctorand.

La primera reunió del Comitè de Direcció de l'Escola de Doctorat es va dur a terme el mes de juliol del 2013, per tal d'iniciar l'organització i la gestió de l'Escola.