Al curs acadèmic 2012-2013 s'han endegat a la UPF els programes de doctorat següents, adaptats al Reial Decret 99/2011:
- Programa de doctorat en Biomedicina
- Programa de doctorat en Ciències Polítiques i Socials
- Programa de doctorat en Comunicació
- Programa de doctorat en Traducció i Ciències del Llenguatge
- Programa de doctorat en Dret
- Programa de doctorat en Economia, Finances i Empresa
- Programa de doctorat en Història
- Programa de doctorat en Humanitats
- Programa de doctorat en Tecnologies de la Informació i les Comunicacions (TIC)