El 28 de gener del 2011 es va aprovar el Reial Decret 99/2011, pel qual es regulen els ensenyaments oficials de doctorat i que ha suposat un pas endavant en l'elaboració del marc normatiu dels doctorats, atès que regula exclusivament l'organització d'aquests estudis.
Entre les principals novetats del Reial Decret 99/2011 es troben la regulació de les escoles de doctorat i l'establiment de les comissions acadèmiques dels programes de doctorat.
El Consell de Govern de la UPF, en sessió de 13 de juliol del 2011, va aprovar la norma per la qual es regula l'Escola de Doctorat de la Universitat Pompeu Fabra. Aquesta norma determina el procediment de creació, competències, finalitat, funcions i estructura de l'Escola de Doctorat, així com les funcions del comitè de direcció, del consell assessor, dels coordinadors i de les comissions acadèmiques de cada programa de doctorat, entre d'altres.
El setembre del 2011 es va sol·licitar oficialment a la Generalitat de Catalunya la creació de l'Escola de Doctorat, la qual començarà les seves activitats el curs 2012-2013 amb els nou programes de doctorat existents a la UPF i adaptats al Reial Decret 99/2011: