Durant el curs 2008-2009 s'han produït importants canvis en l'organització dels estudis de postgrau, fruit, d'una banda, del desplegament d'aquests programes i, de l'altra banda, a causa de l'adaptació de la formació de màster al Reial Decret 1393/2007, de 29 d'octubre, pel qual s'estableix l'ordenació dels ensenyaments universitaris oficials.
Al curs 2008-2009 s'han iniciat vuit màsters nous:
Actualment, la Universitat es troba en procés de verificació abreujada dels màsters que es van elaborar d'acord amb el Reial Decret 56/2005, de 21 de gener, en el qual es regulaven els estudis oficials de postgrau al Reial Decret 1393/2007, de 29 d'octubre, que regula els ensenyaments universitaris oficials, per procés de verificació abreujada. Un cop conclòs aquest procés, tots els estudis de postgrau ja estaran adaptats al marc legal vigent.
A més, la UPF preveu ampliar l'oferta de postgrau per al curs 2009-2010 amb set nous màsters, dos dels quals són interuniversitaris: